Friedrichshagen wurde durch den deutschen Kolonisten Fredebern (Wredebern) um 1230 gegründet. Der damalige Name lautete Vredeberneshagen und wandelte sich über Frebbershagen in Friedrichshagen.
Das Dorf gehörte nach seiner Gründung zum Kirchspiel Gressow, hatte aber bereits eine eigene Kirche.
1265 unterstellte Fürst Heinrich der Pilger das Patronat dem Bischof von Ratzeburg. In dieser Zeit siedelte der Deutsche Orden im Kirchspiel, gründete in Klein Krankow eine Komturei und besaß auch in Fredeberneshagen sechs Hufen Land. Als 1355 die Komturei einging, erwarb diese Marquard von Stove.
1381 kauften die Herren von Stralendorf die Ländereien, mit diesen auch 2,5 Hufen in Friedrichshagen, die später an die von Negendancks und weiter an die von Bassewitz übergingen. Von 1442 an war die Wehninger Linie der Bülows hier Besitzer.
Vermutlich in den Jahren 1415-1416 wurde die Kirche in ihrer heutigen Gestalt errichtet. Darauf weisen Holzuntersuchungen an den originalen Dachbalken hin.
In Urkunden aus der Zeit der Reformation und bis in das 18. Jahrhundert ist die Familie Bülow hier nachgewiesen. Ein Wappen in der Kirche zeugt noch von dem Patronat der Bülows. Seit 1823 gehörte Friedrichshagen zum landesherrlichen Domanium.
Das ehemalige Pfarrhaus von Friedrichshagen wird seit den Siebzigerjahren des verg. Jhdt. als Rüstzeitheim genutzt. Vor allem Kindergruppen, Jugendliche und Konfirmanden sowie Familien fühlen sich im Haus und auf dem Gelände wohl.
Die Kirchengemeinde Gressow-Friedrichshagen hat seit 2007 keinen eigenen Pastor mehr und wird durch wechselnde Kuratoren pastoral betreut.
Am Eingang zum Kirchhof gibt es eine Gedenktafel für den am 2. August 1947 im Stammlager Neubrandenburg/Fünfeichen ermordeten Friedrichshäger Pastor Wilhelm Bartelt (1888-1947).